I és que les restes més antigues de la presència d'humans a la Península es troben aquí, a mig camí entre Burgos i Ibeas de Juarros. Les importants troballes dels noranta li van valdre la declaració de Patrimoni de la Humanitat per la UNESCO el 2000, que van catapultar el poble a la fama.

Els jaciments d'Atapuerca van ser descoberts el 1899 per casualitat, en els treballs de construcció de la trinxera del ferrocarril per al transport de mineral entre Burgos i Bilbao. Però la troballa no va donar fruits fins als anys seixanta del segle XX, quan un grup espeleològic es decideix a investigar-ho a fons. Quan un enginyer de mines es disposa a excavar per trobar ossos d'ós cavernós es troben, en canvi, ossos humans que posen la base d'un estudi que començaria el 1978 i continua donant fruits.

Aquestes restes arqueològiques són les úniques a Europa a través de les quals es pot estudiar l'evolució de les formes de vida dels primers humans que van habitar el continent, des de fa aproximadament un milió d'anys fins a èpoques relativament  recents. Per tant, són un testimoni excepcional per a l'anàlisi de l'evolució humana, una font d'informació molt útil i encara per explotar, sobre el comportament dels nostres avantpassats.

L'existència de fòssils humans a la Trinchera del Ferrocarril ha revolucionat la paleoantropologia per la seva antiguitat, de fa uns 780.000 anys i per pertànyer a una espècie fins ara desconeguda, l'"Homo Antecessor" o explorador. Es tracta d'un avantpassat dels neandertals que fabricava tosques eines de pedra. Segons els investigadors, les seves extremitats eren llargues i morfològicament s'assemblava més a l'home actual que a l'extingit neandertal.

Els jaciments estan localitzats al llarg de la serra en àrees batejades com La Gran Dolina, galeria-coveta de Los Zarpazos, el jaciment Penal, l’avenc d’El Elefante, l'avenc de Los Osos i el Mirador. 

Tot va començar amb el descobriment d'una dent al jaciment de La Gran Dolina. Arran d'allò van ser destapats fins a 86 restes humanes corresponents a un mínim de sis espècimens. Gran part d'aquestes restes òssies presenten símptomes de descarnament amb estris de pedra, cosa que fa suposar que van ser víctimes d'un banquet caníbal per part d'una altra tribu.

A banda de la troballa de l’"Antecessor", al subsòl de la serra està gravat l'últim milió d'anys d'història de l'home. Les proves més antigues de la presència humana a la Península tenien al voltant d'un milió d'anys. Això es va capgirar amb el descobriment dels estris de l'avenc d’El Elefante. A partir dels ossos dels micromamífers trobats en el mateix nivell, es va arribar a eines de pedra que avancen aquesta data uns 400.000 anys. Entre aquesta rudimentària indústria lítica destaquen un estrep i un martell d’'Homo Heidelbergensis'. 

És el més gran dels dipòsits de fòssils d'homínids conegut. A l'avenc de Los Osos, ubicat a la Cueva Mayor, s'han recuperat fòssils corresponents, almenys, a 32 individus que van viure fa 300.000 anys, la qual cosa podria suposar el primer enterrament de la història. Representa l'esquelet al complet de l’esmentat "Homo Heidelbergensis", espècie corpulenta que s'alimentava de vegetals, fruits i llavors a més de carn obtinguda mitjançant la caça i la carronya. Sembla que no havien descobert el foc.

Hi destaca una peça singular com és la denominada "pelvis d'Elvis", un maluc que va permetre saber com era el part dels preneandertals, a pesar de pertànyer a un baró. El cap d'un fetus passaria sense problemes pel seu canal de part, cosa que ha portat a deduir que les femelles d’aquella espècie parien amb menys dolor que les dones d'avui en dia, si tenim en compte també que el seu cervell era menor.

Una de les troballes més importants fins a la data és el Crani-5, batejat amb el nom de "Miguelón" en honor a Indurain, ja que l'any del descobriment (1992) el ciclista va guanyar el seu segon tour. Era la primera vegada que apareixia una estructura òssia completa del cap d'un homínid del passat. Presenta una notable deformitat a la part esquerra del rostre que es deu a la ruptura i posterior infecció d'una dent, cosa que possiblement li va provocar també la mort.

Per tot això, Atapuerca amaga a les entranyes la història de l'últim milió d'anys de l'evolució humana i es constitueix com un dels jaciments arqueològics més importants del món.