A la capital es troba el més famós dels museus portuguesos, el Museu Nacional d’Art Antic, l’edifici del qual ja és majestuós. Es tracta del Palau d’Alvor-Pombal, fortalesa del segle XVII construïda per als comtes d’Alvor. El museu, també conegut com ‘Museu das Janelas Verdes’ pel color de les seves finestres, va ser inaugurat el 1884 i ampliat el 1940. Aquesta ampliació està en un annex on abans va haver-hi un convent del qual només va quedar la capella després de l’acció d’un sisme.

Conté la major col·lecció pictòrica del país. Hi destaquen les obres sacres d’artistes portuguesos, provinents majoritàriament de convents i monestirs després de la liquidació d’ordes religioses de 1834. Ofereix testimoni de l’art nacional des de l’Edat Mitjana fins al segle XIX a través de peces d’escultura, argent, porcellana i arts aplicades, entre les quals n'hi ha algunes d'emblemàtiques com la ‘Custódia de Belém’ i la ‘Custódia da Bemposta’. 

També hi ha molts testimonis de L’Era dels Descobriments, que mostren els vincles portuguesos no només amb Europa sinó també amb Brasil, Àfrica, Índia, Xina i Japó. Determinant en el seu patrimoni és la famosa col·lecció del doctor Gustav Rau titulada "De Fra Angelico a Bonnard", on també hi ha obres de Renoir, Degas, Cézanne, El Greco, Toulouse-Lautrec, Monet o Gainsborough, entre molts d'altres.

També a Lisboa hi ha el Museu Calouste Gulbenkian, fundat el 1969 per voluntat pòstuma del col·leccionista d’origen armeni que li dóna nom. S’ubica en el parc de Santa Gertrudis i compta amb un patrimoni format per unes 6.000 peces d’art antic i modern, de les quals unes 1.000 s’exposen al públic

L’exposició permanent es divideix en dues seccions independents. Una d’elles es dedica a l’art oriental i clàssic, amb peces d’art egipci, grecoromà, islàmic, xinès i japonès. L’altra proposa un recorregut per l’art europeu amb llibres, escultures, pintures i altres peces que van des del segle XI fins al XX. 

Els seus dipòsits inicialment componien el Museu Nacional d’Art Contemporani, però va haver de canviar de nom el 1994, quan la seva col·lecció de pintures compreses entre 1850 i 1950 va deixar de ser contemporània. S’ubica en un magatzem restaurat dividit en 12 sales temàtiques, il·lustrant el desenvolupament pictòric i escultòric des del romanticisme, fins al modernisme. Són obres majoritàriament portugueses, però també n'hi ha alguna d'internacional, entre les quals destaquen dibuixos de Rodin i escultura francesa de finals del segle XIX.

Altres famosos museus d’art contemporani lusitans són el Museu d’Art Contemporani de Sintra, o el Museu de Serralves, a Porto. Aquest últim va ser concebut per l’arquitecte Álvaro Siza i presenta una valuosa col·lecció des de finals dels anys 60 fins a l’actualitat.

L’illa de Madeira i especialment la ciutat de Funchal aglutina una gran quantitat de museus que donen testimoni de la cultura i història de l’arxipèlag. L’obra pictòrica queda plasmada al Museu d’Art Contemporani i el d’Art Sacre, aquest últim amb una esplèndida col·lecció de pintura flamenca. La taulelleria, el mobiliari antic i l’art religiós queden de manifest al Museu de la Quinta de las Cruces i a la Casa Museu Frederico de Freitas. 

També aquí hi ha el ‘Photografia Museu Vicentes’, l’únic museu fotogràfic portuguès. L’artesania, entre la qual destaquen els brodats, està ben exposada en grans museus com el Nucli Museològic de l’Institut del Brodat, Tapissos i Artesania de Madeira. També es reflecteix la forma de vida de l’illa en museus del vi, el sucre o la pesca de la balena.