No toda la superficie de la cueva es transitable. Se halla dividida en tres zonas principales; las galerías turísticas o bajas, las galerías altas y las galerías nuevas, de más reciente descubrimiento. Lógicamente solo un tercio de la cueva, el perteneciente al primer grupo de galerías, puede ser visitada sin restricción. Además en esta zona el acceso es fácil debido a la amplitud de sus salas y su gran altura. La cueva posee dos bocas de entrada: dos naturales y una habilitada artificialmente en 1960. A las Galerías Altas y Nuevas se accede por un estrecho paso en alto situado en la Sala del Cataclismo pero no son visitables.

Parte de la importancia de la cueva reside en que representa casi todos los tipos de formaciones conocidas. Sus imponentes salas se encuentran plagadas de estalactitas para el deleite visual del visitante. En la Sala del Vestíbulo se ubica un yacimiento arqueológico y la Sala del Belén por su parte hace gala de bellas formaciones kársticas. La cueva cuenta incluso con su propio mirador en la Sala del Elefante que conduce a una estancia que permite contemplar unas vistas fabulosas de las estalactitas y estalagmitas que pueblan techos y suelos.

La gruta también sirve a usos sociales, ya que en la Sala de la Cascada o la del Ballet se representan los Festivales de Música y Danza de la localidad. En el centro de la estancia se alza una majestuosa columna de más de 15 metros y unas cornisas de las que descienden estupendas coladas. Asimismo, el techo está ornamentado con infinidad de estalactitas, algunas de espectaculares dimensiones. Otras dos salas importantes son la de los Fantasmas y la del Cataclismo. La gigantesca columna central de esta sala incluso ostenta el puesto de la mayor del mundo en el libro Guinness de los records.

Pero la cueva combina su propia belleza natural con las pinturas rupestres. En la primera cámara, la del Vestíbulo hay un yacimiento arqueológico y una vitrina con paneles de pinturas, restos humanos y útiles hallados en la cueva. Concretamente hay más de una veintena de pinturas que se fechan en la etapa auriñaerense. En la Sala de la Torca es posible admirar pinturas rupestres antropomórficas, mientras que en la Sala de los Fantasmas predominan las representaciones simbólicas y de animales.

La Sala del Belén es testigo del enterramiento de una mujer del 6.300 a.C. El visitante también podrá asombrarse en la sala del Cataclismo, donde se puede comprobar la huella de una sacudida sísmica que tuvo lugar hace 800.000 años en la comarca. En las galerías Altas y Nuevas sobresale la Sala de las Columnas de Hércules, donde los hombres del Paleolítico que habitaron la caverna dejaron su legado en las pinturas rupestres que decoran las paredes de esta zona de la gruta.